binary_cfdr.RdPerform cFDR leveraging binary auxiliary covariates
binary_cfdr(p, q, group)
| p | p-values for principal trait (vector of length n) |
|---|---|
| q | binary auxiliary data values (vector of length n) |
| group | group membership of each SNP for leave-one-out procedure (vector of length n) (e.g. chromosome number or LD block) |
data.frame of p, q and v values
# In this example, we generate some p-values (representing GWAS p-values) # and some arbitrary auxiliary data values (e.g. representing functional genomic data). # We use the parameters_in_locfdr() function to extract the parameters estimated by # the locfdr function. # generate p set.seed(2) n <- 1000 n1p <- 50 zp <- c(rnorm(n1p, sd=5), rnorm(n-n1p, sd=1)) p <- 2*pnorm(-abs(zp)) # generate q q <- rbinom(n, 1, 0.1) group <- c(rep("A", n/2), rep("B", n/2)) binary_cfdr(p, q, group)#> p q v #> 1 7.306018e-06 0 1.300758e-05 #> 2 3.553583e-01 0 3.661413e-01 #> 3 2.034457e-15 0 3.622131e-15 #> 4 1.587039e-08 0 2.825551e-08 #> 5 6.882296e-01 0 7.021304e-01 #> 6 5.079062e-01 0 5.208610e-01 #> 7 4.004704e-04 0 7.129943e-04 #> 8 2.307263e-01 0 2.602984e-01 #> 9 3.327605e-23 0 5.924441e-23 #> 10 4.877229e-01 0 4.459269e-01 #> 11 3.677495e-02 0 3.437376e-02 #> 12 9.165224e-07 0 1.631769e-06 #> 13 4.959080e-02 0 4.591136e-02 #> 14 2.010708e-07 1 4.415673e-08 #> 15 5.050830e-19 0 8.992458e-19 #> 16 6.936800e-31 0 1.223851e-30 #> 17 1.117853e-05 0 1.990218e-05 #> 18 8.579113e-01 0 7.661030e-01 #> 19 4.102406e-07 0 7.303892e-07 #> 20 3.067018e-02 0 2.912264e-02 #> 21 1.403306e-25 0 2.498434e-25 #> 22 1.977687e-09 0 3.521059e-09 #> 23 1.892547e-15 0 3.369476e-15 #> 24 1.466582e-22 0 2.611090e-22 #> 25 9.803031e-01 0 9.278052e-01 #> 26 1.512146e-34 0 1.346106e-34 #> 27 1.702411e-02 0 5.169251e-02 #> 28 2.856331e-03 0 2.989441e-02 #> 29 7.463142e-05 0 1.328732e-04 #> 30 1.475657e-01 0 1.330466e-01 #> 31 2.201526e-04 0 3.919580e-04 #> 32 1.107565e-01 1 1.621533e-02 #> 33 7.414658e-08 0 1.320100e-07 #> 34 1.553782e-01 0 1.400247e-01 #> 35 1.030159e-04 0 1.834087e-04 #> 36 2.898498e-03 0 2.280370e-02 #> 37 6.140623e-18 1 1.348529e-18 #> 38 6.394042e-06 0 1.138390e-05 #> 39 5.185004e-03 0 1.793677e-02 #> 40 2.177389e-01 0 2.779394e-01 #> 41 5.511974e-02 0 5.081979e-02 #> 42 1.176951e-22 0 2.095434e-22 #> 43 2.570428e-05 0 4.576369e-05 #> 44 1.769906e-21 0 3.151127e-21 #> 45 1.855291e-03 0 3.303145e-03 #> 46 2.407840e-23 0 4.286899e-23 #> 47 1.266569e-01 0 1.145979e-01 #> 48 6.496696e-01 0 6.322726e-01 #> 49 3.571511e-01 0 3.418994e-01 #> 50 2.049445e-09 0 3.648816e-09 #> 51 4.018695e-01 1 3.314545e-01 #> 52 3.880003e-02 0 3.618438e-02 #> 53 5.739477e-01 0 5.631101e-01 #> 54 2.020561e-01 0 2.643799e-01 #> 55 2.948356e-01 1 3.657834e-02 #> 56 4.931268e-02 0 4.565387e-02 #> 57 7.467171e-01 0 7.391922e-01 #> 58 3.493440e-01 0 3.554003e-01 #> 59 2.546073e-01 0 2.772234e-01 #> 60 9.459952e-02 1 1.384986e-02 #> 61 7.373694e-02 0 6.746368e-02 #> 62 4.223040e-02 0 3.922783e-02 #> 63 4.819658e-01 0 4.936276e-01 #> 64 8.743270e-01 0 8.185168e-01 #> 65 6.126918e-01 1 7.600037e-02 #> 66 4.122189e-01 0 4.113557e-01 #> 67 4.562491e-02 0 4.230741e-02 #> 68 6.317305e-01 0 6.285003e-01 #> 69 9.329134e-01 0 8.802806e-01 #> 70 3.705270e-01 0 3.833363e-01 #> 71 3.569065e-01 0 3.531559e-01 #> 72 7.410603e-01 0 7.406048e-01 #> 73 8.873479e-01 0 7.928807e-01 #> 74 6.636729e-01 0 6.777664e-01 #> 75 9.571562e-01 0 9.028864e-01 #> 76 3.643484e-01 0 3.867214e-01 #> 77 1.923999e-01 0 1.731558e-01 #> 78 4.402389e-01 0 4.877580e-01 #> 79 2.925585e-01 1 3.521753e-02 #> 80 1.585284e-01 0 1.428423e-01 #> 81 3.192576e-01 0 3.614722e-01 #> 82 8.993041e-02 0 8.187515e-02 #> 83 5.937760e-01 0 6.046067e-01 #> 84 1.699796e-01 0 1.531165e-01 #> 85 2.724987e-02 0 3.295699e-02 #> 86 6.843640e-02 0 6.266244e-02 #> 87 5.135027e-01 0 5.349600e-01 #> 88 7.758884e-01 0 7.449920e-01 #> 89 6.987935e-01 0 6.972534e-01 #> 90 6.989820e-01 0 6.620172e-01 #> 91 1.095119e-01 0 9.936182e-02 #> 92 9.273282e-02 0 8.430678e-02 #> 93 2.365689e-01 0 2.886903e-01 #> 94 1.743186e-01 0 1.570251e-01 #> 95 1.303633e-01 0 1.178343e-01 #> 96 2.101675e-01 1 2.673728e-02 #> 97 5.007098e-02 0 4.628734e-02 #> 98 9.938995e-01 0 9.851995e-01 #> 99 3.994437e-01 0 3.577680e-01 #> 100 5.477334e-01 0 5.588371e-01 #> 101 2.826168e-01 0 2.534619e-01 #> 102 7.944027e-01 0 7.594454e-01 #> 103 7.533145e-01 0 7.589561e-01 #> 104 4.534775e-01 0 4.255040e-01 #> 105 3.885784e-01 0 4.434486e-01 #> 106 4.055605e-02 0 3.774388e-02 #> 107 3.472586e-01 0 3.535149e-01 #> 108 4.457033e-02 0 4.132951e-02 #> 109 6.734823e-01 0 6.313471e-01 #> 110 7.257126e-01 0 7.188029e-01 #> 111 3.042413e-01 0 3.153046e-01 #> 112 8.021859e-01 0 7.811485e-01 #> 113 6.370271e-01 0 6.334270e-01 #> 114 1.741657e-01 0 1.568873e-01 #> 115 5.726394e-01 0 5.632492e-01 #> 116 6.484043e-01 0 6.081133e-01 #> 117 2.183402e-01 0 2.463916e-01 #> 118 2.513251e-01 0 2.727693e-01 #> 119 9.151079e-01 0 8.816478e-01 #> 120 4.334412e-01 0 4.808401e-01 #> 121 2.145319e-01 0 2.303086e-01 #> 122 8.895620e-01 0 8.494013e-01 #> 123 8.714914e-02 0 7.934300e-02 #> 124 6.667294e-01 0 6.266276e-01 #> 125 2.963792e-01 0 3.091451e-01 #> 126 5.908674e-01 0 6.135315e-01 #> 127 5.031217e-01 0 5.111897e-01 #> 128 5.229494e-01 0 5.462543e-01 #> 129 8.470968e-02 0 7.716190e-02 #> 130 8.143322e-02 0 1.169263e-01 #> 131 4.903173e-01 0 4.408489e-01 #> 132 7.406723e-01 0 7.522127e-01 #> 133 3.837172e-01 0 3.954995e-01 #> 134 4.377430e-02 0 4.066196e-02 #> 135 2.252908e-01 0 2.597034e-01 #> 136 2.299473e-01 0 2.795676e-01 #> 137 3.020401e-01 0 3.192918e-01 #> 138 4.316272e-01 0 4.757628e-01 #> 139 3.485202e-02 0 3.274875e-02 #> 140 1.459990e-01 0 1.316340e-01 #> 141 5.598234e-01 0 5.284364e-01 #> 142 6.820084e-01 0 6.289939e-01 #> 143 4.196771e-01 0 4.492446e-01 #> 144 9.318238e-01 0 9.036985e-01 #> 145 4.555205e-01 0 4.493778e-01 #> 146 5.133225e-01 0 5.434512e-01 #> 147 5.111128e-01 0 5.064301e-01 #> 148 5.823816e-01 0 5.733740e-01 #> 149 4.198224e-01 0 4.458861e-01 #> 150 3.185802e-01 0 3.506410e-01 #> 151 3.291187e-01 0 2.969974e-01 #> 152 8.654638e-01 0 8.451385e-01 #> 153 4.701766e-01 1 2.197570e-01 #> 154 3.984355e-01 0 4.092366e-01 #> 155 2.014986e-01 0 2.505626e-01 #> 156 1.792362e-01 0 1.614106e-01 #> 157 4.440687e-01 1 2.024209e-01 #> 158 6.425026e-01 0 6.413977e-01 #> 159 7.887045e-01 0 7.552397e-01 #> 160 5.044383e-01 0 5.096722e-01 #> 161 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